الهدف الأساسي من إنشائه:
مركز قارن لدراسة الحوار بين الأديان، يهدف إلى نظام جديد في مقارنة الأديان غير متبع غالبا في الأقسام العلمية الأكاديمية الأخرى، فطريقة الأبحاث والدراسات في مركز قارن تقوم على بحث الكتاب المقدس بحثا مقارنا لبيان الحق الذي تبرأ به الذمة في تحديد الهدف من وجود الإنسان في الحياة، وما يترتب على اختياراته في الآخرة من مسئولية.وهذا المنهج هو الذي دعانا إليه الوحي، ولذلك فإن العمل الأساسي في مركز قارن هو دراسة كل ما جاء في القرآن والسنة؛ من رسائل وجهها الحق تعالى إلى مواضع معينة داخل الكتاب المقدس؛ وعلى وضعه الحاضر الذي يعتمده اليهود والنصارى.
ومن ثم فإن المنهج الذي قام عليه مركز قارن هو تناول الحوار بين الإسلام واليهودية والنصرانية في دراسة بحثية مباشرة، وعلى منهج جديد يمكن سالكيه بكل يسر من الرد على الغزو التنصيري والتحديات الفكرية التي تمر بها البلاد العربية والإسلامية.
وهذا المنهج مع قوته وفاعليته الشديدة لم ينل حظه في أغلب أقسام مقارنات الأديان الأكاديمية، ولا وسائل الإعلام المسموعة والمرئية بالصورة التي تناسبه، فالمسألة هنا لا تقوم على مقارنة نقدية يطرحها أتباع دين معين لإحراج آخرين في محاورة الأديان، وليست مجالا لعرض حجج أو شبهات على الدارسين أو العوام لينتصر فيه صاحبه في مقابل عجز الآخرين عن الرد أو التأويل، وكذلك ليست طرحا لنماذج شخصية واقعية مفتعلة أو حقيقية لإظهار الاهتداء أو الانتقال من دين إلى آخر ، وإنما القضية هنا مسألة تجرد وإخلاص في بيان حقيقة ما يعتقده الإنسان مما سيواجه به ضميره وذاته، أو يواجه خالقة الذي تكفل برزقه وسيحاسبه عند لقائه.