تمنح أكاديمية العقيدة المصرية درجة الدكتوراه الفخرية للشخصيات المتميزة، كشهادة شرفية بدون رسالة أو مناقشة، وتعطى للشخص العادي بغض النظر عن بلده أو موطنه كتقدير لموقف مشرف بشهادة الجميع قدمه لبلده أو دينه أو نفع البشرية، وتقوم الأكاديمية كل عام بطرح عشرة أسماء من المرشحين لها على موقعها وفي وسائل التواصل والقنوات التلفزيونية، للتصويت على اختيار ثلاثة منهم لنيل درجة الدكتوراه الفخرية.
ولا يشترط في الحائز عليها أن يكون أكاديميا أو حاصلا على شهادات معينة في درجات أكاديمية متتالية فقد تمنح لمختلف أنواع المهن والأعمال، ولا تمنح أكاديمية العقيدة المصرية درجة الدكتوراه الفخرية لمن يطلبها أو يتقدم للحصول عليها، فلا بد من اختياره من قبل إدارة أكاديمية العقيدة المصرية بعد التصويت عليها من قبل المتابعين أو ترشيح مؤسسة معتبرة.
كما يحق لأكاديمية العقيدة المصرية التي منحت الدكتوراه الفخرية سحبها ممن كرمتهم إذا رأت أن بقائها معه ينافي الغرض الذي منحته الدرجة من أجله، ولا يشترط في المكرمين بالدكتوراه الفخرية حضورهم أو ارتداء الزي المتبع في المؤسسات العلمية أو الجامعات الأخرى أثناء التكريم، ولكن يشترط توثيق الحصول عليها بالحضور، أو دوائر الاتصال المرئية المغلقة والمسجلة والموثقة في الأرشيف والإعلان عن ذلك في ميديا أكاديمية العقيدة المصرية.